В документах 5-й ревизии выявлены сведения о вновь заведенной в 1787 году деревне Красноярской Уватской волости Тобольского округа. Согласно записи, сделанной посельщиком, государственным крестьянином Максимом Петровым Полисовым, в 1795 году здесь проживало 8 человек. В 1903 году число дворов составило 20, проживали 73 мужчины и 70 женщин.

По воспоминаниям старых жителей, существует несколько легенд о происхождении Красноярского сельского поселения. Вот одна из них.

В стародавние времена эту территорию заселяли существа, похожие на людей. Их называли «Красная Чудь», потому что у них были большие красные глаза. Когда сюда пришли люди, существа вырыли в яру норы и скрылись от глаз. Среди первых поселенцев была старая бабка Докия (баба Евдоха). Она зарабатывала на жизнь тем, что пряла шерсть своих овец. Однажды ранним весенним утром Докия повела животных на пастбище. Было еще холодно, и бабка надела 12 кожухов из овечьих шкур, чтобы не продрогнуть. Пока она шла, начала потихоньку согреваться, да и солнышко стало пригревать. Бабка Докия скидывала один кожух за другим, бросала прямо на дороге и вскоре сняла их все. Но вдруг поднялся ветер и повалил сильный снег. Спутница собрала овец и поспешила домой, по пути собирая кожухи и вновь накидывая на себя. Однако тулупы уже были сильно припорошены снегом, и их пришлось отряхивать. Баба Докия отряхнула и собрала все кожухи. Теперь когда весной идет снег, значит, Докия стряхивает высоко в горах снег со своих тулупов. Зато после того, как она вытряхнет все 12, настанут по-настоящему теплые и солнечные весенние дни.

У бабки Докии был сын по имени Чалпан. Он женился вопреки воле матери на дочери царя «Красной Чуди». Царь Баташ умер от глубокой старости в 115 лет. Его облачили в царское одеяние, надели на голову железную корону, гроб поставили в белую ладью, спустили на воду реки Боровая и подожгли.

В холодный зимний день бабка Докия дала невестке, которую звали Веренея, клубок черной шерсти, отправила на реку и приказала не возвращаться, пока та не отстирает его до белизны. Разумеется, несмотря на все усилия Веренеи, шерсть оставалась черной. Девушка села на берег и заплакала. Сжалившись над бедняжкой, перед Веренеей появился Иисус Христос, которого она не узнала, вручил ей цветок и сказал, чтобы она окунула его в воду вместе с клубком. Девушка последовала совету, и шерсть стала белой. Вернувшись домой, Веренея всё рассказала свекрови, однако Докия не поверила ей и обвинила в том, что мужчина, давший ей цветок – ее тайный ухажер. После этого Докия отправилась пасти овец, уверенная в том, что весна уже наступила – ведь иначе «ухажер» невестки не смог бы найти цветок. Она надела 12 овечьих шкур, но вдруг начался дождь и шубы промокли. Она сняла их, однако внезапно дождь сменился снегом. Докия замерзла и превратилась в озеро, а рядом с ней вырос осиновый лес (в настоящее время это озеро Куртья, вокруг него в основном растет осина). Вскоре умирает красавица Веренея. Чалпан долго страдает и, в конце концов, погибает от тоски по любимой. Его похоронили, и на этом месте начинает течь ручей, которому дали название Чалпан.

По другой легенде, «Красный Яр» означает «красивый». В этих местах побывала девица-красавица, обладающая волшебной силой. Ей понравились наши просторы, и она подарила местности красивую природу, обширные леса, реки, полные рыбы, и леса, богатые животными. Еще по одной версии, в этих местах велась добыча красной глины, отсюда появилось слово «Красный», а «Яр» – потому что село расположено на горе.

В 1928-1929 годах на территории Красноярского поселения существовало 2 сельских совета: Красноярский и Новосельский, где проживали 2724 человека. Первыми жителями села Красный Яр были семьи Кошкаровых, Бусыгиных и Ососовых. В период Сталыпинской аграрной реформы на территорию поселения хлынули переселенцы с Орловской и Белгородской областей. Первые переселенцы – семьи Баглаевых, Токаревских, Городиловых, Ярковых, Катаевых и Мусихиных. В 30-е годы, в период раскулачивания, территория попала в места ссылки. В это время образовано несколько спецпоселений: деревни Малый Нарыс и Сафроновка. Переселенцы прибывали как с южных губерний, так и с Севера. Они называли себя «Челдонами» и «Кержаками».

В 1927 году в деревне Сергеевка образовалась первая сельхозартель «Наша Надежда», состоявшая из 18 хозяйств и включавшая 80 крестьян.

В 1986 году в селе Красный Яр был установлен памятник революционерке из села Демьянское Стефаниде Петровне Дорониной, расстрелянной белогвардейцами в 1919 году у села Нового.

Красноярская школа носит имя Героя Советского Союза Григория Никифоровича Кошкарова, родившегося 15 февраля 1924 года в деревне Сергеевка.

Указом президиума Верховного Совета РСФСР от 17 июня 1954 года упразднен Новосельский сельский совет. В Красноярский совет вошло 20 деревень, а в 1969 году на этой территории существовало 15 деревень. В апреле 1965 года был образован совхоз «Красноярский», в 1992 году он реорганизован в ТОО «Красноярское», с октября 1996 года – в ООО «Красноярское», с 2009 года – в ООО «Красный Яр». В настоящее время директором является А.В. Нестерова.

В состав сельского поселения входят село Красный Яр, деревни Сафьянка, Сергеевка и Малый Нарыс. На территории проживают 673 человека, расположено 233 хозяйства. Имеются два сельскохозяйственных кооператива (СПССК «Молоко», ПССХПК «Красный Яр» и Коммунальное хозяйство), 3 частных предприятия, занимающихся лесозаготовкой и распиловкой леса (ИП Валерия Александровича Белкина, крестьянское хозяйство «Лесное» Евгения Павловича Шпинева, крестьянско-фермерское хозяйство «Потапово» Геннадия Васильевича Потапова).